Медицинская микробиология. От микроскопии к масс-спектрометрии

Участники издания
Список сокращений и условных обозначений
Предисловие
Введение
Глава 1. История развития медицинской
микробиологии до изобретения времяпролетной
масс-спектрометрии
1.1. Микроорганизмы - причина инфекционных
болезней
1.2. Изобретение микроскопа
1.3. Выделение микроорганизмов в чистой
культуре
1.4. Разработка питательных сред для
культивирования различных микроорганизмов
1.5. Становление иммунологии
1.6. Становление молекулярной биологии
1.7. Современная микробиологическая
диагностика с применением инновационных
технологий
1.7.1. Микроскопия
1.7.1.1. Простой микроскоп
1.7.1.2. Сложный световой микроскоп
1.7.1.3. Темнопольный микроскоп
1.7.1.4. Фазово-контрастный микроскоп
1.7.1.5. Флуоресцентный микроскоп
1.7.1.6. Микрометрия
1.7.1.7. Фотомикроскопия
1.7.2. Фенотипическая идентификация бактерий
и грибов
1.7.2.1. Культуральный анализ
1.7.2.2. Неавтоматизированные платформы,
наборы и тесты
1.7.2.3. Автоматизированные бактериологические
анализаторы
1.7.3. Методы идентификации, не связанные с
фенотипом
1.7.3.1. Молекулярно-биологические методы
1.7.3.1.1. Методы амплификации
нуклеиновых кислот
1.7.3.1.2. Методы на основе гибридизации
нуклеиновых кислот
1.7.3.1.3. Секвенирование ДНК
1.7.3.2. Иммунологические методы
1.7.3.2.1. Иммунофлуоресценция
1.7.3.2.2. Иммуноферментный анализ
1.7.3.2.3. Радиоиммунный анализ
1.7.3.2.4. Использование моноклональных
антител
1.7.3.2.5. Экспресс-тесты
1.7.4. Диагностика бактериемии и фунгемии
1.7.4.1. Культуральные методы диагностики
бактериемии и фунгемии
1.7.4.1.1. Критические факторы,
влияющие на результативность
микробиологического исследования крови
1.7.4.1.2. Питательные среды и добавки
для гемокультивирования
1.7.4.1.3. Неавтоматизированные системы
гемокультивирования
1.7.4.1.4. Автоматизированные системы
гемокультивирования
1.7.4.2. Методы обнаружения патогенов в крови
без этапа культивирования
1.7.4.2.1. Суррогатные маркеры сепсиса
1.7.4.2.2. Методы выявления бактериемии
и фунгемии на основе амплификации нуклеиновых
кислот
1.7.4.2.3. Методы выявления
бактериемиии фунгемии на основе гибридизации
нуклеиновых кислот
1.7.4.2.4. Методы обнаружения патогенов
в крови на основе выявления антигенов и антите
1.7.4.3. Прямое исследование чувствительности
гемокультур к антимикробным препаратам
1.7.4.4. Контроль качества в диагностике
бактериемии и фунгемии
Глава 2. История развития времяпролетной масс-
спектрометрии
2.1. Эксперименты с разреженными газами (XIX
в.)
2.1.1. Гипотеза Праута
2.1.2. Опыты Майкла Фарадея
2.1.3. Трубки Гейслера
2.1.4. Густав Кирхгоф и Роберт Бунзен.
Начало спектрального анализа
2.1.5. Катодные и анодные лучи
2.2. Изобретение масс-спектрометра (начало
XX в.)
2.2.1. Открытие изотопов. Опыты Джозефа
Томсона
2.2.2. Масс-спектрометр Фрэнсиса Астона
2.2.3. Масс-спектрометр Артура Демпстера
2.2.4. Схема устройства и принцип работы
масс-спектрометра
2.2.5. Решение проблемы ускорения заряженных
частиц. Изобретение циклотрона
2.2.6. Решение проблемы оптимального
разделения ионов. Создание масс-спектрометра с
двойной фокусировкой .
2.2.7. Расшифровка структуры молекул
2.2.8. Решение проблемы ионизации металлов.
Изобретение искровой ионизации
2.2.9. Разработка концепции времяпролетного
масс-спектрометра
2.2.10. Разработка концепции хромато-масс-
спектрометрии
2.2.11. Развитие методов ионизации
2.2.11.1. Ионизация электронным ударом
2.2.11.2. Изобретение химической ионизации
2.2.11.3. Ионизация электроспреем
2.2.11.4. Полевая десорбция
2.2.11.5. Плазменная десорбция
2.2.11.6. Лазерная десорбция
2.2.12. История развития методов ионизации
2.2.13. Детекторы ионов
2.2.14. Представление масс-спектров
2.2.15. Дальнейшее усовершенствование
анализаторов в масс-спектрометре
2.2.15.1. Масс-спектрометрия с ионным
циклотронным резонансом
2.2.15.2. Технология орбитальной ионной ловушки
Глава 3. MALDI-TOF MS в медицинской
микробиологии
3.1. Принцип метода
3.2. Матрица
3.3. Масс-спектры
3.4. Способы обработки данных
3.5. Пробоподготовка биологического
материала
3.5.1. Прямое белковое профилирование
3.5.2. Пробоподготовка биологического
материала
с предварительным экстрагированием белков
3.5.3. Пробоподготовка биологических
жидкостей
3.6. Видовая идентификация микроорганизмов
с помощью MALDI-TOF MS
3.6.1. Первые попытки идентификации
микроорганизмов
3.6.2. Стандартизация метода
3.6.3. Особенности идентификации
грамотрицательных бактерий
3.6.4. Особенности идентификации
грамположительных бактерий
3.6.5. Особенности идентификации анаэробных
и микроаэрофильных бактерий
3.6.6. Особенности идентификации
Mycobacterium tuberculosis и нетуберкулезных
микобактерий
3.6.7. Особенности идентификации дрожжевых
и плесневых грибов
3.6.8. Прямая идентификация микроорганизмов
в биологических жидкостях
3.6.8.1. Прямая идентификация микроорганизмов
в образцах мочи
3.6.8.2. Прямая идентификация микроорганизмов
в гемокультурах
3.6.8.3. Диагностика грибковых патогенов в
крови
3.6.8.4. Диагностика туберкулеза в крови
3.6.8.5. Диагностика вирусных инфекций в крови
3.6.9. Детекция резистентности
микроорганизмов к антимикробным препаратам
3.6.10. Типирование бактерий и грибов
3.6.11. Применение MALDI-TOF MS в вирусологии
3.6.12. Применение MALDI-TOF MS в экологии
3.6.13. Применение MALDI-TOF MS в изучении
микробных сообществ
3.7. Платформы для MALDI-TOF MS-
идентификации
микроорганизмов
3.8. Дальнейшие перспективы
Заключение
Список литературы
Предметный указатель